Data Analysis Tools and Methods for DNA Microarray and High-throughput Sequencing Data

Laiho Asta

Diplomi-insinööri Asta Laiho kehitti väitöstutkimuksessaan analyysimenetelmiä ja –työkaluja bioalojen tutkijoiden käyttöön. Uusien keinojen avulla bioteknologian tutkijat voivat työstää aiempaa paremmin genomin eli koko perimän kattavaa data-aineistoa.

Viime vuosina nopeasti kehittyneet bioteknologian tekniikat ovat mahdollistaneet laajojen, koko genomin tason, mittausaineistojen tuottamisen. Näiden aineistojen käsittelyyn ja tulkintaan tarvitaan kuitenkin luotettavia ja tehokkaita automatisoituja menetelmiä ja työkaluohjelmia.

– Paremmat työkaluohjelmat ja tehokkaammat analyysimenetelmät mahdollistavat genominlaajuisten data-aineistojen paremman hyödyntämisen, Asta Laiho toteaa.

Hän kehitti Turun yliopistoon tekemässään väitöstutkimuksessa kaivattuja ohjelmia ja menetelmiä.

Bioalojen tutkijoilla ei useinkaan ole vahvaa tilastotieteen tai tietotekniikan osaamista. Yhä useammat bioalojen tutkijat tarvitsevatkin helposti käytettäviä ja tehokkaita työkaluja biotekniikan mittausaineistojen analysointiin.

– Jotta mahdollisimman monet tutkijat pystyisivät hyödyntämään näitä työkaluja, on tärkeää varustaa ne graafisella käyttöliittymällä ja luotettavilla valmiiksi suunnitelluilla analyysiskenaarioilla sekä mahdollistaa havainnollisten tulosraporttien ja -kuvien tuottaminen, Laiho sanoo.

Hänen väitöstyössään kehittämänsä lähestymistavat helpottavat eri data-analyysivaiheita, ja koska on tärkeää valita kussakin vaiheessa kokonaisanalyysiin soveltuvia menetelmiä, väitöskirjassa käsitellään analyysityökulkuja eri tyyppisille mittausaineistoille. Työssä on myös vertailtu eri analyysimenetelmiä, minkä perusteella annetaan suosituksia menetelmän valintaan.

Väitöstyössä kehitettyjä ohjelmistotyökaluja, menetelmiä ja analyysityökulkuja on käytetty useiden tutkimusaineistojen analysointiin ja ne ovat auttaneet valottamaan muun muassa hiiren kiveskudoksen spermantuotantomekanismeja ja hiiren sikiön kantasolujen solulinjan määräytymistä.

Väitöskirja on englanninkielinen