Bioimage informatics in STED super-resolution microscopy

Koho Sami

STED-mikroskooppi mahdollistaa biologisten näytteiden kuvantamisen lähes yksittäisten molekyylien tarkkuudella. Turun yliopistossa väittelevä Sami Koho kehitti menetelmiä, jotka parantavat mikroskoopin ominaisuuksia.

– Uutta STED-datankeruutekniikkaa ja laskennallisia kerroskuvausmenetelmiä hyväksikäyttäen onnistuin selvästi parantamaan tavallisen 2D-STED-mikroskoopin pitkittäissuuntaista erottelukykyä, Koho kertoo.

Väittelijän kehittämä kerroskuvausmenetelmä mahdollistaa myös STED-kuvantamisen aiempaa suurikokoisemmilla näytteillä.

– Uudet kehittämäni ohjelmistotyökalut puolestaan mahdollistavat STED mikroskoopin korrelatiivisen käytön atomivoimamikroskoopin tai elektronimikroskoopin kanssa, Koho sanoo.

Lisäksi väitöstutkimus esittelee uuden ohjelmistotyökalun, joka pystyy automaattisesti arvioimaan mikroskooppikuvien laatua. Kaikki osana väitöstutkimusta kehitetyt ohjelmistot julkaistaan avoimena lähdekoodina, joten ne ovat koko tiedeyhteisön käytettävissä.

STED-mikroskopiaa kehittäneille tutkijoille myönnettiin vuonna 2014 kemian Nobel-palkinto.

Väitöskirja on englanninkielinen