SuomeksiEnglanniksi
Annales Universitatis Turkuensis

Establishment and Enhancement of Mu in vitro DNA Transpo-sition Applications: Novel Procedures and New Tools

Pulkkinen Elsi

Hyppiviä geenejä, eli transposoneja, on kaikissa organismeissa: bakteereissa, kasveissa ja eläimissä. Ne voivat muodostaa huomattavan osan geeniperimästä, esimerkiksi ihmisen perimästä noin 45 prosenttia on peräisin liikkuvista elementeistä.

Suurin osa ihmisen geeniperimässä sijaitsevista transposoneista on kuitenkin niin kutsuttuja molekulaarisia fossiileja, eli ne ovat ajan kuluessa menettäneet kykynsä liikkua. Transposonien luontaista kykyä liikkua paikasta toiseen voidaan hyödyntää monipuolisesti eri tarkoituksiin, kuten geeninsiirtoon ja geeniperimän muokkaukseen.

Pulkkinen kehitti työssään kaksi uutta bakteriofagi Mu:n transpositioreaktioon perustuvaa menetelmää. Ensimmäinen työssä kehitetty menetelmä on tarkoitettu transposonien tehokkuuden mittaamiseen.

– Transposoneja on helppo muokata ja niihin perustuvia työkaluja käytetään sekä bakteereilla, kasveilla, selkärangattomilla, että selkärankaisilla. Transposonien tehokkuuden mittaamiseen ei kuitenkaan ole aiemmin ollut tarjolla yhtenäistä menetelmää. Kehitin työssäni uuden menetelmän, jolla voidaan vertailukelpoisesti mitata, miten tehokkaasti transposonit saadaan yhdistettyä haluttuun DNA:han, Pulkkinen kertoo.

Toinen työssä kehitetty menetelmä on tarkoitettu rengasmuotoisen DNA:n kalastamiseen. Rengasmuotoista DNA:ta on luonnossa runsaasti, niin elävien solujen sisällä, kuin myös solujen hajoamisen myötä vapautuneena erilaisiin ympäristöihin. Esimerkkejä rengasmuotoisesta DNA:sta ovat mitokondrioiden ja kloroplastien geeniperimät, plasmidit, kromosomista peräisin olevat DNA-renkaat ja joidenkin virusten geeniperimät.

– Rengasmuotoista DNA:ta on paljon, mutta sen löytäminen DNA-näytteistä kaiken muun DNA:n joukosta saattaa olla kuin etsisi neulaa heinäsuovasta. Työssä kehitetty menetelmä helpottaa DNA-renkaiden tutkimista, sillä se mahdollistaa periaatteessa minkä tahansa rengasmaisen DNA:n löytämisen ja säilyttämisen Escherichia coli -soluissa, Pulkkinen sanoo.

Pulkkinen kehitti työssään myös Mu:n käyttämästä MuA-proteiinista hyperaktiivisia muotoja ja osoitti, että muokattujen proteiinien avulla voidaan parantaa huomattavasti erilaisten Mu:n transpositioon perustuvien menetelmien tehokkuutta.

– Useimpien liikkuvien elementtien transpositiotehokkuus luonnossa on melko matala, sillä kovin tehokas liikkuminen saattaisi tuhota isännän nopeasti ja täten tuhota myös itse elementin. Transpositioreaktion tehokkuuden parantaminen eri molekyylibiologian käyttötarkoituksia varten onkin ollut yksi transpositiotutkimuksen tärkeimmistä tavoitteista. Se että työssä onnistuttiin kehittämään MuA proteiinista hyperaktiivisia muotoja, saattaa tulevaisuudessa hyödyttää myös geeniterapiaan liittyvien sovellusten kehittämistä, Pulkkinen kertoo.

Väitöskirja on englanninkielinen

Tuotenumero:9789512965915
Ulkoasu:nid.
Tekijä:Pulkkinen Elsi
Laajuus:123 s.
ISBN:9789512965915
Julkaisuvuosi:2016
Sarja:AII osa 324
15,00 €
(sis. ALV 10%)


13,64 €
(ALV 0%)
Määrä: kpl