SuomeksiEnglanniksi
Annales Universitatis Turkuensis

Targeted proteomics in characterizing iron-deprived cyanobacteria: Insights into the regulation of iron-sulfur cluster biogenesis

Vuorijoki Linda

Syanobakteereille rauta ja sen käyttöön liittyvät reaktiot ovat erityisen tärkeitä, sillä solun auringonvaloa käyttävä fotosynteesikoneisto on riippuvainen lukuisista rautaa sisältävistä entsyymeihin sitoutuneista kofaktoreista. Yhtenä merkittävämpänä löytönään Vuorijoki osoitti rautarikki-kofaktorien biogeneesistä vastaavien geenien ilmenemisen olevan tarkoin säädelty prosessi, josta on vastuussa kaksi säätelijää; repressoriproteiini SufR ja pieni RNA molekyyli IsaR1.

Nämä kaksi säätelijää rajoittivat rautarikki-kofaktorien biosynteesiä eri kasvuolosuhteissa muodostaen koordinoidun säätelysysteemin, joka reagoi hyvin herkästi solunsisäiseen rautapitoisuuteen. Tällä tavoin varmistetaan, että solun toiminnoille välttämätön kofaktoreita tuottava koneisto on aktiivinen vain silloin, kun siihen on tarvetta ja solulla on siihen resursseja.

– Rautarikki-klusterien biogeneesi on solun fysiologian kannalta erittäin tärkeä prosessi, ja perustuu erityisen hienovaraiseen säätelyyn, jossa tuotettujen klustereiden ja niitä sitovien proteiinien määrän tulee olla tasapainossa. Mikäli tasapainoa ei saada ylläpidettyä, johtaa se moninaisiin aineenvaihdunnan häiriöihin, Vuorijoki kertoo.

Keskeinen osa Vuorijoen väitöskirjaa oli selvittää raudan puutoksen aiheuttamia proteiinitason muutoksia. Vuorijoen käyttämällä SRM (selected reaction monitoring) -menetelmällä voitiin samanaikaisesti saada uutta tietoa lähes sadan kohteeksi valitun entsyymin määristä eri olosuhteissa. Menetelmän hyödyllisyydestä ja mahdollisuuksista solun toimintojen kartoittamisessa kertoo se, että suurinta osaa tutkituista proteiineista ei ole vaihtoehtoisella proteomiikkamenetelmällä kyetty aikaisemmin havaitsemaan.

Syanobakteerien aineenvaihduntareaktioiden tarkempi tunteminen edesauttaa fotosynteesikoneiston hyödyntämistä hiilipohjaisten yhdisteiden, kuten biopolttoaineiden, liuottimien tai muovien raaka-aineiden, tuottamiseen suoraan ilmassa olevasta hiilidioksidista, käyttäen energiana auringon valoa. Vuorijoen käyttöönottamaa proteomiikkamenetelmää on jo sovellettu alan jatkotutkimuksissa ja työssä kehitettyä SRM-kirjastoa on edelleen laajennettu tutkimusyhteisön käyttöön.

Väitöskirja on englanninkielinen

Tuotenumero:9789512969661
Ulkoasu:nid.
Tekijä:Vuorijoki Linda
Laajuus:142 s.
ISBN:9789512969661
Julkaisuvuosi:2017
Sarja:AI osa 566
15,00 €
(sis. ALV 10%)


13,64 €
(ALV 0%)
Määrä: kpl